基于单体型haplotypes的群体选择信号的检测——EHH & iHS

基于单体型haplotype的选择信号的检测。在selective sweeps选择过程中,有些强烈受到选择的位点variants由于LD的因素会连带着其附近的位点variants一起被保留,并且不会受到重组recombination的打断。一些低重组区域的haplotypes的长度会高于那些高重组区域的haplotypes的长度。因此,对比同一genomic区域在不同群体中的haplotype的长度可以用来判断是否受到选择。例如:在一个群体内部,如果某一个体强烈受到选择,其haplotype的长度会远长于其它个体;同理,对于两个群体之间的比较,某一群体受到选择,则其基因组中的受选择区域的haplotypes会比未受到选择群体中的haplotypes更长。

VCFTOOLS使用说明

当学习某一重要文件格式时,更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习(如sam/bam——samtools)。在多次花时间写脚本处理文件之后发现,80%左右的任务其实只需要对应工具的某个子命令再加上合适的参数即可解决。故为提升效率,处理VCF文件之前先好好将对应工具vcftools学习一遍
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